ВЫЯВЛЕНИЕ ЗАГРЯЗНЕНИЯ МЯСА ЛОСОСЯ БАКТЕРИЯМИ ГРУППЫ PSEUDOMONAS FLUORESCENS ПРИ ПРОВЕДЕНИИ БАРКОДИНГА ДНК ПРОДУКТОВ ЯПОНСКОЙ КУХНИ

Метод баркодинга ДНК как инструмент генетической паспортизации и идентификации таксономической принадлежности организмов появился сравнительно недавно. Нами был применен метод баркодинга ДНК для таксономической идентификации рыбных ингредиентов (лосось, тунец, летучая рыба, акула) в продуктах японской кухни. Были проанализированы 27 образцов из 6 точек розничной торговли и 3 ресторанов в Воронеже. В качестве «лосося» все выбранные коммерческие компании использовали филе атлантического лосося или семги (Salmo salar), который считается менее ценным, чем тихоокеанский лосось. Результаты баркодинга ДНК показали, что один из образцов «лосося» заменен на желтоперого тунца. Также один образец «тунца» был заменен на филе атлантического лосося. При анализе «икры летучей рыбы» только один образец соответствовал искомой ДНК, а именно ласточкокрылу обыкновенному (Hirundichthys affinis). В остальных образцах была идентифицирована ДНК мойвы (Mallotus villosus). При анализе образца «акула» была идентифицирована ДНК мозамбикской тиляпии, которая является пресноводной рыбой. При анализе «двоящихся» сиквенсов нами было показано, что в двух образцах «икры летучей рыбы» была смесь икры ласточкокрыла обыкновенного и мойвы. Примечательно, что в одном из образцов «лосось» на основе баркодинга ДНК была идентифицирована бактерия Pseudomonas fluorescens. Анализ «двоящихся» сиквенсов образцов «лосось» также показал примесь ДНК этой бактерии. При последующем анализе мяса лосося с использованием видоспецифичных праймеров к этой бактерии она была идентифицирована во всех образцах. P. fluorescens вызывает заболевание у лососевых рыб и может быть опасной для людей с низким уровнем иммунитета. Показано, что праймеры, используемые для баркодинга ДНК, имеют высокую степень гомологии с ДНК бактерий группы P. fluorescens.

баркодинг ДНК, цитохромоксидаза, рыбный ингредиент, идентификация, Pseudomonas fluorescens, загрязнение, DNA barcoding, cytochrome oxidase, fish ingredients, identification, Pseudomonas fluorescence, contamination

1. Hebert P.D., Gregory T.R. The Promise of DNA Barcoding for Taxonomy. Syst. Biol. 2005; 54(5): 852-9.

2. Hebert P.D., Cywinska A., Ball S.L., deWaard J.R. Biological identifications through DNA barcodes. Proc. Biol Sci. 2003; 270(1512): 313-21.

3. Ferri G., Alù M, Corradini B., Licata M., Beduschi G. Species identification through DNA «barcodes». Genet. Test Mol. Biomarkers. 2009; 13(3): 421-6.

4. Hebert P.D., Ratnasingham S., deWaard J.R. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc. Biol. Sci. 2003; 270(Suppl. 1): S96-9.

5. Schoch C.L., Seifert K.A., Huhndorf S., Robert V., Spouge J.L., Levesque C.A. et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proc. Natl. Acad. Sci. 2012; 109(16): 6241-6.

6. Dong W., Cheng T., Li C., Xu C., Long P., Chen C. et al. Discriminating plants using the DNA barcode rbcLb: an appraisal based on a large data set. Mol. Ecol. Resour. 2014; 14(2): 336-43.

7. Galimbertia A., de Mattiaa F., Losaa A., Brunia I., Federicia S., Casiraghia M. et al. DNA barcoding as a new tool for food traceability. Food Res. Int. 2014; 50(1): 55-63.

8. Valentini A., Miquel C., Nawaz M.A., Bellemain E., Coissac E., Pompanon F., et al. New perspectives in diet analysis based on DNA barcoding and parallel pyrosequencing: the trnL approach. Ecol. Resour. 2009; 9(1): 51-60.

9. Shokralla S., Zhou X., Janzen D.H., Hallwachs W., Landry J., Jacobus L.M. et al. Pyrosequencing for Mini-Barcoding of Fresh and Old Museum Specimens. PLoS One. 2011; 6(7): e21252.

10. Cawthorna D., Steinmanb H.A., Witthuhn R.C. DNA barcoding reveals a high incidence of fish species misrepresentation and substitution on the South African market. Food Res. Int. 2012; 46(1): 30-40.

11. Helyar S.J., Lloyd H.D., de Bruyn M., Leake J., Bennett N., Carvalho G.R. Fish Product Mislabelling: Failings of Traceability in the Production Chain and Implications for Illegal, Unreported and Unregulated (IUU) Fishing. PLoS One. 2014; 9(6): e98691.

12. Linga K.H., Cheunga C.W., Chengb S.W., Chenga L., Lib S., Nicholsc P.D. et al. Rapid detection of oilfish and escolar in fish steaks: A tool to prevent keriorrhea episodes. Food Chem. 2008; 110(2): 538-46.

13. Triantafyllidis A., Karaiskou N., Perez J., Martinez J.L., Roca A., Lopez B. et al. Fish allergy risk derived from ambiguous vernacular fish names: Forensic DNAbased detection in Greek markets. Food Res. Int. 2010; 43: 2214-6.

14. Novotny L., Dvorska L., Lorencova A., Beran V. Fish: a potential source of bacterial pathogens for human beings. Vet. Med. 2004; 49(9): 343-58.

15. Rosenblum B.B., Lee L.G., Spurgeon S.L., Khan S.H., Menchen S.M., Heiner C.R. et al. New dye-labeled terminators for improved DNA sequencing patterns. Nucleic. Acids Res. 1997; 25(22): 4500-4.

16. Colquhoun D.J., Skjerve E., Poppe T.T. Pseudomonas fluorescens, infectious pancreatic necrosis virus and environmental stress as potential factors in the development of vaccine related adhesions in Atlantic salmon, Salmo salar L.J. Fish Dis. 1998; 21(5): 355-64.

17. Gershman M.D., Kennedy D.J., Noble-Wang J., Kim C., Gullion J., Kacica M. et al. Multistate outbreak of Pseudomonas fluorescens bloodstream infection after exposure to contaminated heparinized saline flush prepared by a compounding pharmacy. Clin. Infect. Dis. 2008; 47(11): 1372-9.

18. Scales B.S., Dickson R.P., LiPuma J.J., Huffnagle G.B. Microbiology, genomics, and clinical significance of the Pseudomonas fluorescens species complex, an unappreciated colonizer of humans. Clin. Microbiol. Rev. 2014; 27(4): 927-48.

19. Scarpellini M., Franzetti L., Galli A. Development of PCR assay to identify Pseudomonas fluorescens and its biotype. FEMS Microbiol. Lett. 2004; 236(2): 257-60.

20. Wong V., Levi K., Baddal B., Turton J., Boswell T.C. Spread of Pseudomonas fluorescens Due to Contaminated Drinking Water in a Bone Marrow Transplant Unit. J. Clin Microbiol. 2011; 49(6): 2093-6.